二代測(cè)序（Next-Generation Sequencing，簡(jiǎn)稱NGS）是一種高通量測(cè)序技術(shù)，廣泛應(yīng)用于基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、表觀遺傳學(xué)等研究領(lǐng)域。本文將介紹NGS測(cè)序的原理和實(shí)驗(yàn)方法。
一、NGS測(cè)序原理
NGS測(cè)序原理基于DNA片段的擴(kuò)增和高通量測(cè)序技術(shù)。主要步驟如下：
1. 樣品制備：將需要測(cè)序的DNA樣品進(jìn)行提取和純化處理。
2. DNA片段化：將DNA樣品切割成較小的片段。通常采用超聲波或限制性內(nèi)切酶進(jìn)行切割。
3. 適配體連接：在DNA片段兩端連接適配體，適配體包含特定序列用于后續(xù)連接和測(cè)序反應(yīng)。
4. DNA片段擴(kuò)增：通過PCR或橋式擴(kuò)增等方法將DNA片段進(jìn)行擴(kuò)增，使得每個(gè)DNA片段形成數(shù)以百萬計(jì)的復(fù)制品。
5. 片段固定：將擴(kuò)增的DNA片段固定在固定板上。每個(gè)DNA片段在固定板上形成一個(gè)獨(dú)立的簇。
6. 測(cè)序反應(yīng)：通過引物識(shí)別和鏈延伸等技術(shù)對(duì)固定的DNA片段進(jìn)行測(cè)序反應(yīng)。每個(gè)DNA片段會(huì)在反應(yīng)中逐個(gè)添加堿基，并利用熒光信號(hào)記錄每個(gè)堿基的順序。
7. 圖像捕獲：使用高分辨率攝像機(jī)捕獲電荷耦合器件（CCD）上熒光信號(hào)的圖像。
8. 數(shù)據(jù)分析：根據(jù)圖像數(shù)據(jù)和序列信息進(jìn)行測(cè)序數(shù)據(jù)的分析和解讀。
二、NGS測(cè)序?qū)嶒?yàn)方法
NGS測(cè)序?qū)嶒?yàn)包含樣品制備、測(cè)序儀器設(shè)置、數(shù)據(jù)采集和數(shù)據(jù)分析等步驟。具體步驟如下：
1. 樣品制備：根據(jù)研究目的選擇合適的樣品，例如細(xì)胞、組織或血清等。將樣品進(jìn)行DNA提取、純化和片段化處理。
2. 適配體連接：將適配體連接到DNA片段兩端。連接適配體時(shí)需要考慮適配體的質(zhì)量和效率，可以選擇商業(yè)化的適配體連接試劑盒。
3. DNA片段擴(kuò)增：對(duì)連接適配體的DNA片段進(jìn)行擴(kuò)增。擴(kuò)增方法可以根據(jù)研究需求選擇PCR、橋式擴(kuò)增或旋轉(zhuǎn)擴(kuò)增等技術(shù)。
4. 文庫構(gòu)建：將擴(kuò)增的DNA片段轉(zhuǎn)化為文庫。文庫構(gòu)建包括文庫準(zhǔn)備、文庫濃度測(cè)定等步驟。
5. 測(cè)序儀器設(shè)置：根據(jù)實(shí)驗(yàn)需求選擇合適的NGS測(cè)序儀器。設(shè)置測(cè)序參數(shù)，如測(cè)序深度、讀長(zhǎng)、文庫密度等。
6. 數(shù)據(jù)采集：將文庫加載到NGS測(cè)序儀器中，啟動(dòng)測(cè)序反應(yīng)并將熒光信號(hào)采集到計(jì)算機(jī)中。
7. 數(shù)據(jù)分析：對(duì)采集到的圖像和序列數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制、序列比對(duì)、變異檢測(cè)、拼接等數(shù)據(jù)分析步驟?？梢岳蒙虡I(yè)化的分析軟件或自行開發(fā)腳本進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。
NGS測(cè)序技術(shù)的發(fā)展革命性地改變了基因組學(xué)和其他生命科學(xué)領(lǐng)域的研究方式。其高通量、高效率、低成本的特點(diǎn)使得大規(guī)模測(cè)序成為可能，為生命科學(xué)研究提供了更廣闊的應(yīng)用空間。隨著技術(shù)的不斷進(jìn)步和成本的不斷降低，NGS測(cè)序?qū)?huì)在醫(yī)學(xué)研究、生命科學(xué)等領(lǐng)域發(fā)揮更加重要的作用。
蘇州阿爾法生物提供的天根試劑盒主要有質(zhì)粒大提、質(zhì)粒小提等各種質(zhì)粒抽提試劑盒、血液DNA提取試劑盒、細(xì)菌DNA提取試劑盒、病毒RNA提取試劑盒、NGS文庫構(gòu)建、植物組織DNA提取試劑盒等各種基因組提取試劑盒。還有DH5感受態(tài)等。
